Геномика в облаке: использование Docker, GaTK и WDL в Terra на русском
Genomics in the Cloud: Using Docker, GATK, and WDL in Terra (B086Q7D47V)
Купить и скачать электронную книгу в форматах PDF, EPUB, FB2, MOBI
Geraldine A. Van der Auwera | #76: Генетика
Объём данных в области геномики стремительно растёт. Всего за несколько лет такие организации, как Национальные институты здравоохранения (NIH), будут хранить более 50 петабайт — или более 50 миллионов гигабайт — геномных данных, и они обращаются к облачной инфраструктуре, чтобы сделать эти данные доступными для исследовательского сообщества. Как адаптировать инструменты и протоколы анализа для доступа и анализа такого объёма данных в облаке?
В этой практической книге исследователи научатся работать с геномными алгоритмами, используя инструменты с открытым исходным кодом, включая Genome Analysis Toolkit (GATK), Docker, WDL и Terra. Джеральдин Ван дер Аувера, многолетний руководитель сообщества пользователей GATK, и Брайан О'Коннор из Института геномики Калифорнийского университета в Санта-Крузе проведут вас через весь процесс. Вы будете учиться, работая с реальными данными и геномными алгоритмами из практики.
В этой книге рассматриваются следующие темы:
- Необходимые знания в области геномики и вычислительных технологий.
- Основные операции облачных вычислений
- Начало работы с GATK, а также три основных конвейера передовой практики GATK.
- Автоматизация анализа с помощью скриптовых рабочих процессов на основе WDL и Cromwell.
- Масштабирование выполнения рабочих процессов в облаке, включая распараллеливание и оптимизацию затрат.
- Интерактивный анализ в облаке с использованием блокнотов Jupyter.
- Безопасное сотрудничество и воспроизводимость вычислительных процессов с помощью Terra.